发病机制：
慢性肉芽肿病为X连锁隐性遗传少数为常染色体隐性遗传，Chdiak-Higashi综合征为常染色体隐性基因的遗传病。其发病机制还不明
吞噬细胞缺陷发病机制可能有，中性粒细胞减少症，吞噬细胞的功能不足。
1.中性粒细胞减少症
先天性遗传性中性粒细胞减少症罕见这类患儿多形核白细胞数低于5.0×108/L，表现了频繁感染周期性中性粒细胞减少症则按15～35天为一周期(平均21天)的反复减少，减少期为数天，数量可下降至5.0×107/L.伴有胰腺不全的中性粒细胞减少症(Shwachman综合征或全身播散性肉样瘤)，其患儿发育不良呈现脂肪痢及反复感染等症状，中性粒细胞数降低到2.0～4.0×108/L，患者常伴有轻度糖尿病。这类患儿对病毒感染预后不良。伴有低免疫球蛋白的中性粒细胞减少症火罐网是一组较常见的病，这些患儿可能同时有IgM增高。迟钝白细胞综合征(lazyleucocytesyndrome)患儿均有中性粒细胞减少，反复上呼吸道感染、牙龈炎、口腔炎等患者白细胞在体外试验中不能向趋化性刺激物移动;皮肤窗试验中无内聚现象;给新鲜血浆后，这种异常反应也不能改变白细胞减少症的病因多为遗传性疾病鶒，或是可以查出家族性病史。周期性中性粒细胞减少症则是一种骨髓干细胞的缺陷，健康搜索在中性粒细胞减少期间鶒，单核细胞增多，并从尿中排出的粒细胞集落刺激因子增加，这说明不是粒细胞生成激素的生成障碍。
2.吞噬细胞的功能不足
(1)慢性肉芽肿病(chronicgranulomatousdisease，CGD)：该病主要见于男性患儿，健康搜索一般在出生后数年内反复发生化脓性感染。疖及蜂窝织炎最为常见常并发淋巴结化脓，进而引起骨髓炎。这类患者的白细胞吞噬细菌后，却不能把它们杀死，反而受到白细胞的保护，不受其抗体补体及药物的影响。
(2)Chédiak-Higashi综合征：这是一种少见的综合征患儿多形核白细胞数降低，并缺乏正常功能，对趋化性刺激反应不良，杀菌能力低下。患者反复发生严重的化脓性感染，伴有皮肤色素缺乏、羞明肝脾肿大等。能存活至成人者极少
(3)Job综合征：是累及女孩的吞噬功能缺陷病。主要表现为不能清除入侵的葡萄球菌。患儿伴有色素缺乏和湿疹。
上述迟钝白细胞综合征，属于白细胞功能缺陷。其他趋化性缺陷，可能检出补体缺乏或白细胞抗体等。