组织和器官的体积缩小称为萎缩(atrophy)，通常是由于各该组织、器官的实质细胞体积缩小造成的，有时也可因细胞数目减少引起。最常见的萎缩有肌肉、骨骼、中枢神经及生殖器官等的萎缩。
萎缩通常由于细胞的功能活动降低、血液及营养物质供应不足，以及神经和(或)内分泌刺激减少等引起。萎缩细胞的细胞器减少甚至消失，如长期不动的骨骼肌，其肌原纤维常大量消失，以致仅留下互相靠近的细胞核，貌似肌细胞核增多。肌细胞及其他实质细胞细胞器的解体大多在自噬溶酶体内进行，因而在长期活动减少和变小的肌细胞及某些其他实质细胞内，常可见到许多溶酶体性的残存小体，亦即光学显微镜下的脂褐素颗粒。
细胞和器官除体积变小外，质地常变得较坚韧，边缘变锐，色泽变深(如心和肝的褐色萎缩)。