细胞和器官发生萎缩的原因多种多样，但均含有环境条件变坏的因素，从而引起细胞和器官的体积缩小及功能下降。根据病因，可将萎缩概括地分为二大类即生理性萎缩及病理性萎缩：
1.生理性萎缩
许多结构、组织和器官当机机发育到一定阶段时乃逐渐萎缩，这种现象称为退化，例如在幼儿阶段动脉导管和脐带血管的萎缩退化、青春期后胸腺的逐步退化、妊娠期后子宫的复旧，以及授乳期后乳腺组织的复旧等。此外，在高龄时期几乎一切器官和组织均不同程度地出现萎缩，即老年性萎缩，尤以脑、心、肝、皮肤、骨骼等为明显。
2.病理性萎缩
乃在病理状态下出现的萎缩，原因不一。有的表现为全身性萎缩，有的则表现为局部性萎缩。
(1)全身性萎缩：如长期营养不良或消化道梗阻引起的饥饿性萎缩，全身消耗性疾病及恶性肿瘤患者的全身性萎缩(恶病质)等。
(2)局部性萎缩：乃在某些局部因素影响下发生的局部组织和器官的萎缩。例如动脉硬化症引起的肾萎缩、脑萎缩;长期压迫引起的压迫性萎缩(如肾盂积水时的肾实质萎缩);肢体、器官等长期不活动所致的废用性萎缩(如小儿麻痹症所致的下肢萎缩)以及内分泌和功能低下所至的内分泌萎缩(如Simmond病时，由于垂体功能低下引起的甲状腺、肾上腺、性腺等器官的萎缩)，等等。
萎缩的后果：萎缩一般是可复性的。只要萎缩的程度不十分严重，当原因消除后，萎缩的器官、组织、细胞仍可逐渐恢复原状。但病变如继续进展，则萎缩的细胞可最后消失。