(一)肠道病理变化
病变主要累及回肠下段集合和孤立淋巴小结，分四期，每期持续时间为一周。
1.髓样肿胀期：淋巴组织肿胀、隆起于粘膜表面，似脑沟回，集合淋巴小结病变最典型。镜下巨噬细胞增生明显，吞噬伤寒杆菌、红细胞和细胞碎片，称为伤寒细胞，由伤寒细胞聚集成的结节称伤寒肉芽肿。
2.坏死期：淋巴组织中心和局部粘膜组织发生坏死。
3.溃疡期：溃疡长轴与肠纵轴平行呈椭圆形，孤立淋巴小结病变形成的溃疡为圆形。
4.愈合期：肉芽组织增生填补溃疡性缺损，边缘上皮再生。
(二)肠道外病理变化
肠系膜淋巴结、肝、脾及骨髓由于巨噬细胞增生活跃，引起相应组织器官肿大。镜下可见伤寒肉芽肿和灶状坏死;
心肌纤维：颗粒变性，甚至坏死;
肾小管上皮细胞增殖，也可发生颗粒样变性;
皮肤玫瑰疹;膈肌，腹直肌和股内收肌凝固性坏死(蜡样变性)。