1.出血：为最常见的合并症。是因溃疡侵蚀破坏较大的动脉或溃疡底部肉芽组织内毛细血管所致。量少时，大便隐血试验可呈阳性。较大血管受侵时，引起大出血，患者可出现呕血、柏油样大便，甚至失血性休克。一般来说，十二指肠溃疡出血较胃溃疡略为多见，而十二指肠后壁溃疡又较前壁稍多。
2.穿孔：5%患者发生，是溃疡穿透胃或十二指肠壁的结果。穿孔大多数发生在十二指肠前壁溃疡。若为急性穿孔，且穿破的孔径较大，胃或十二指肠内容物大量溢入腹腔，可导致弥漫性腹膜炎;若穿破的孔径甚小，可导致局限性腹膜炎。后壁溃疡穿孔发生较缓慢，穿孔前通常已与周围器官发生粘连，这种穿透性溃疡常改变了腹痛的规律，变得顽固而持续。