栓子绝大数来自左心的血栓(如亚急性细菌性心内膜炎时心瓣膜赘生物、二尖瓣狭窄时左心房附壁血栓、心肌梗死的附壁血栓),其次为动脉粥样硬化溃疡和主动脉瘤内膜表面的血栓。当有右向左分流的先先性心隔膜缺损时,患者的静脉血栓可以从右心通过该缺损进入左心,造成大循环的动脉的栓塞,称为反常栓塞(paradoxicalembolism)。动脉栓塞以下肢、脑、肾、脾为常见,当栓塞的动脉缺乏有效的侧支循环时,则不可避免地引起局部组织的梗死。例如脑底Wills环栓塞,其环状的动脉联系可保证该部任何阻塞皆不导致脑的梗死。但Wills环远端栓塞时,脑梗死则必然发生。肝有肝动脉和门静脉双重血液供应,所以肝动脉分支栓塞很少引起梗死。