疾病发生的基本机制(mechanism)是指参与很多疾病的共同机制。下面从神经机制、体液机制、细胞机制和分子机制四方面叙述。
(一)神经机制
神经机制参与了大多数疾病的发病，有些因素直接损害神经系统，如流行性乙型脑炎病毒。另一些致病因子可通过神经反射引起相应器官组织的功能代谢变化，或者抑制神经递质的合成、释放和分解，促进致病因子与神经递质的结合，减弱或阻断正常递质的作用。最常见者为早期精神紧张、焦虑、烦恼导致大脑皮质功能紊乱，皮质与皮质下功能失调，导致内脏器官功能障碍。
(二)体液机制
疾病中的体液机制主要是指致病因素引起体液的质和量的变化，体液调节的障碍最后造成内环境紊乱，以致发生疾病。体液调节紊乱常由各种体液因子(humoroalfactor)数量或活性变化引起，它包括各种全身性作用的体液性因子(如组胺、去甲肾上腺素、前列腺素、激活的补体、活化的凝血与纤溶物质等)和局部作用的体液因子(如内皮素、某些神经肽等)以及细胞因子(cytokines)，如白介素(IL)、肿瘤坏死因子(TNFα)等。体液因子常通过以下三种方式作用于靶细胞：①内分泌(endocrine)：体内一些特殊的分泌细胞分泌的各种化学介质，如激素，通过血液循环输送到身体的各个部分，被远距离靶细胞上的受体识别并发挥作用;②旁分泌(paracrine)：由某些细胞分泌的信息分子由于很快被吸收破坏，故只能对邻近的靶细胞起作用，采用这种方式的有神经递质(如神经原之间的突触传递)及一些生长因子等;③自分泌(autocrine)：细胞能对它们自身分泌的信息分子起反应，即分泌细胞和靶细胞为同一细胞，许多生长因子能以这种方式起作用。
在很多疾病中存在体液调节紊乱，这主要是通过内分泌激素起作用的，而内分泌腺的功能活动是受神经机制调节的。疾病发生发展中体液机制与神经机制常常同时发生，共同参与，故常称其为神经体液机制。
(三)细胞机制
致病因素作用于机体后可以直接或间接作用于组织、细胞，造成某些细胞功能代谢障碍，从而引起细胞的自稳调节紊乱。致病因素引起的细胞损伤除直接的破坏(如外伤、肝炎病毒侵入肝细胞等)外，有时可表现为细胞膜功能障碍和细胞器功能障碍。细胞膜功能障碍中目前对膜上的各种离子泵如钠泵即Na+-K+ATP酶、钙泵即Ca2+-Mg2+ATP酶等最为重视，当这些泵功能失调时造成细胞内Na+、Ca2+大量积聚、细胞水肿，甚至死亡，这是导致有关器官功能障碍的重要机制。细胞器的功能障碍，例如：线粒体功能障碍主要表现为氧化还原电位下降，辅酶Ⅱ不能再生，各种酶系统受抑制，特别是丙酮酸脱氢酶系统催化过程发生障碍，阻碍丙酮酸脱氢、脱羧生成乙酰辅酶A，抑制葡萄糖、脂肪及酮体进入三羧酸循环，此时因能量不足，造成严重的细胞功能障碍。此外，ATP生成减少使依赖cAMP(第二信使)的激素不能发挥其调节作用，最终导致细胞死亡。
(四)分子机制
各种病因引起疾病，都会以各种形式表现出分子水平上大分子多聚体与小分子的异常，反之，分子水平的异常变化又会在不同程度上影响正常生命活动。近年来从分子水平研究疾病的发生机制出现分子病理学(molecularpathology)或分子(molecularmedicine)。广义的分子病理学研究所有疾病的分子机制，狭义的分子病理学主要研究生物大分子(主要是核酸与蛋白质)在疾病中的作用。所谓分子病(moleculardisease)是指由于DNA遗传变异引起的一类以蛋白质异常为特征的疾病。它主要分成以下几类：
1.酶缺陷所致的疾病主要是指DNA遗传变异引起的酶蛋白异常所致的疾病。如Ⅰ型糖原沉积病，它是由于编码6-磷酸-葡萄糖脱氢酶的基因发生突变，致该酶缺乏，使6-磷酸-葡萄糖无法酶解为葡萄糖，反而经可逆反应转化为糖原，并沉积于肝。
2.血浆蛋白和细胞蛋白缺陷所致的疾病如镰刀细胞性贫血，它是由于血红蛋白的珠蛋白分子中在β-肽链氨基端第六位的谷氨酸被缬氨酸异常取代，以致血红蛋白的稳定性破坏，表现为血氧分压降低的情况下容易形成棒状晶体，使红细胞扭曲呈镰状，故容易破坏，发生溶血。
3.受体病由于受体基因突变使受体缺失、减少或结构异常而致的疾病称为受体病。它又可分为遗传性受体病(如家族性高胆固醇血症等)和自身免疫性受体病(如重症肌无力等)两种。
4.膜转运障碍所致的疾病这是一类由于基因突变引起的特异性载体蛋白缺陷而造成膜转运障碍的疾病。目前了解最多的是肾小管上皮细胞转运障碍，表现为肾小管重吸收功能失调，例如，胱氨酸尿症，此患者的肾小管上皮细胞对胱氨酸、精氨酸、鸟氨酸与赖氨酸转运的载体蛋白发生遗传性缺陷而发生转运障碍，氨基酸能被肾小管重吸收，随尿排出，形成胱氨酸尿症。
某些疾病(如糖尿病、高血压等)相关基因(disease-associatedgene)或易感基因(susceptibilitygene)也已找到，因此出现了基因病(genedisease)的新概念。基因病主要是指基因本身突变、缺失或其表达调控障碍引起的疾病，如果由一个致病基因引起的基因病称为单基因病(mono-genediseaseorsinglegenedisorder)，如多囊肾，主要是由于常染色体16p13.3处存在有缺陷的等位基因PKDI所引起的显性遗传。如由于多个基因共同控制其表型性状的疾病称多基因病(polygenicdisease或multigenedisease)。此时多个基因的作用可以相加、协同或相互抑制。由于这些基因的作用也受环境因素的影响，因此多基因病也称多因子疾病(multifactorialdisease)。高血压、冠心病、糖尿病等均属此类疾病。