蛋白质的种类繁多，结构复杂，迄今为止没有一个理想的分类方法。着眼的测面不同，分类也就各异，例如从蛋白质形状上，可将它们分为球状蛋白质及纤维状蛋白质;从组成上可分为单纯蛋白质(分子中只含氨基酸残基)及结合蛋白质(分子中除氨基酸外还有非氨基酸物质，后者称辅基);单纯蛋白质又可根据理化性质及来源分为清蛋白(又名白蛋白，albumin)、球蛋白(globulin)、谷蛋白(glutelin)、醇溶谷蛋白(prolamine)、精蛋白(protamine)、组蛋白(histone)、硬蛋白(scleroprotein)等(见表1?)。结合蛋白又可按其辅基的不同分为核蛋白(nucleoprotein)、磷蛋白(phosphoprotein)、金属蛋白(metalloprotein)、色蛋白(chromoprotein)等(见表1-5)。
此外，还可以按蛋白质的功能将其分为活性蛋白质(如酶、激素蛋白质、运输和贮存蛋白质、运动蛋白质、受体蛋白质、膜蛋白质等)和非活性蛋白质(如胶原、角蛋白等)两大类。
表 蛋白质按溶解度分类
| 蛋白质分类 | 举 例 | 溶 解 度 |
| 白蛋白 | 血清白蛋白 | 溶于水和中性盐溶液，不溶于饱和硫酸铵溶液 |
| 球蛋白 | 免疫球蛋白、纤维蛋白原 | 不溶于水，溶于稀中性盐溶液，不溶于半饱和和硫酸铵溶液 |
| 谷蛋白 | 麦谷蛋白 | 不溶于水、中性盐及乙醇；溶于稀酸、稀硷 |
| 醇溶谷蛋白 | 醇溶谷蛋白、醇溶玉米蛋白 | 不溶于水、中性盐溶液；溶于70-80%乙醇中 |
| 硬蛋白 | 角蛋白、胶原蛋白、弹性蛋白 | 不溶于水、稀中性盐、稀酸、稀硷和一般不机溶剂 |
| 组蛋白 | 胸腺组蛋白 | 溶于水、稀酸、稀硷、不溶于稀氨水 |
| 精蛋白 | 鱼精蛋白 | 溶于水，稀酸，稀硷、稀氨水 |
表 蛋白质按化学成分分类
| 蛋白质类别 | 举 例 | 非蛋白成分（辅基） |
| 单纯蛋白质 | 血清蛋白，球蛋白 | 无 |
| 核蛋白 | 病毒核蛋白，染色体蛋白 | 核酸 |
| 糖蛋白 | 免疫球蛋白、粘蛋白，蛋白多糖 | 糖类 |
| 脂蛋白 | 乳糜微粒、低密度脂蛋白、极度密度脂蛋白、高密度脂蛋白 | 各种脂类 |
| 磷蛋白 | 酪蛋白、卵黄磷酸蛋白 | 磷酸 |
| 色蛋白 | 血红蛋白、黄素蛋白 | 色素 |
| 金属蛋白 | 铁蛋白、铜兰蛋白 | 金属离子 |