(一)α-螺旋
①多肽链中的各个肽平面围绕同一轴旋转，形成右手-螺旋，肽链内形成氢键。
②氨基酸侧链伸向螺旋外侧;
③每个肽键的亚氨基氢和第四个肽键的羰基氧形成氢键，依此类推，肽链中的全部肽键都形成氢键，以稳固α-螺旋结构;
④每3.6个氨基酸残基螺旋上升一圈。螺距为0.54nm，所以每个氨基酸残基上升的高度为0.15nm。
注意：有些侧链R基团不利于α-螺旋形成。
(二)β-折叠
β-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而成。肽链的主链呈锯齿状折叠构象。
①多肽链充分伸展，每个肽单元以Cα为旋转点，依次折叠成锯齿结构;
②氨基酸侧链交替地位于锯齿状结构的上、下方;
③两条以上肽链或一条肽链内的若干肽段平行排列，通过链间羰基氧和亚氨基氢形成氢键，从而稳固β-折叠结构;
④肽链有顺式平行和反式平行两种。
(三)β-转角
①常发生于肽链180°回折时的转角上;
②通常有4个氨基酸残基组成，其第一个残基的羰基氧与第四个残基的亚氨基氢可形成氢键。
(四)无规卷曲：没有确定规律性的那部分肽链结构。