蛋白质受酸、碱或蛋白酶作用而水解称为其基本组成单位——氨基酸。
1)氨基酸的一般结构式：
组成自然界蛋白质的氨基酸主要有20种，其化学结构具有共同的特点：即在连接羧基的α-碳原子上，还有一个氨基，故称α-氨基酸。可用下式表示：
COOH
H2N—Cα—H
R
不同的氨基酸其侧链(R)各异。除甘氨酸外，其余氨基酸的α-碳原子均为不对称碳原子，具有旋光异构现象，也有L系或D系两种构型。组成天然蛋白质的氨基酸多属于L-α-氨基酸。
2)氨基酸的分类：
①非极性R基氨基酸：特征是在水中溶解度小于极性R基氨基酸。包括四种带有脂肪烃侧链的氨基酸(丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸);两种含芳香环氨基酸(苯丙氨酸和色氨酸);一种含硫氨基酸(甲硫氨酸)和一种亚氨基酸(脯氨酸)。
②不带电荷的极性R基氨基酸：特征是比非极性R基氨基酸易溶于水。包括三种具有羟基的氨基酸(丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸);两种具有酰胺基的氨基酸(谷氨酰胺和天冬酰胺);一种含有巯基氨基酸(半胱氨酸)和R基团只有一个氢但仍能表现一定极性的甘氨酸。
③带正电荷的R基氨基酸：特征是在生理条件下带正电荷，是一类碱性氨基酸。包括在侧链含有ε氨基的赖氨酸;R基团含有一个带正电荷胍基的精氨酸和含有弱碱性咪唑基的组氨酸。
④带负电荷的R基氨基酸：天冬氨酸和谷氨酸都含有两个羧基，在生理条件下分子带负电荷，是一类酸性氨基酸。