真核细胞RNA合成过程不同于原核生物，特别是具有密码功能的如RNA分子。原核细胞mRNA可边合成边进行翻译，但哺乳动物细胞等真核细胞中的大多数RNA是以前体分子的形式被合成，必须经过加工才能形成成熟且具有活性的RNA。真核生物和原核生物的RNA聚合酶种类不同，结合模板的特性不一样。原核生物RNA聚合酶可直接结合DNA模板，而真核生物RNA聚合酶需与辅助因子结合后才结合模板，所以二者的转录起始过程有较大区别，转录终止也不相同。
1.真核生物DNA依赖性
RNA聚合酶真核生物有3种不同的：RNA聚合酶：RNA聚合酶I、RNA聚合酶Ⅱ和RNA聚合酶Ⅲ。RNA聚合酶I位于细胞核的核仁。RNA聚合酶Ⅱ位于核内。RNA聚合酶Ⅲ位于核仁外。mRNA是各种RNA中寿命最短、最不稳定的，需经常重新合成。在此意义上说，RNAHpolⅡ是真核生物中最活跃的RNA聚合酶。
RNmpolII催化基因转录的过程，可以分为3个期：起始期、延长期和终止期，起始期和延长期都有相关的蛋白质参与。
2.转录起始与延长
转录起始需要启动子和转录因子的参与。基因转录起始点上游存在DNA序列，包括启动子、启动子上游元件或等近端调控元件和增强子等远隔序列，这些序列都可统称为顺式作用元件。
3.转录终止
当RNA聚合酶到达基因末端的终止子时，合成的RNA链被释放，RNA聚合酶从模板上脱落。真核生物的转录终止，是和转录后修饰密切相关的。真核生物试RNA有聚腺苷酸尾巴结构，在转录后加上。在读码框架的下游，常有一组共同序列AATAAA，再下游还有相当多的GT序列。转录越过修饰点后，mRNA在修饰点处被切断。