小儿肠套叠的临床症状随年龄而有所不同。可分为婴儿肠套叠（2岁以下）和儿童肠套叠两类：
1婴儿肠套叠：此病开始异常急骤，往往为一肥胖健康的婴儿忽然哭闹不安，阵发性发作，呈异常痛苦的表情。当蠕动波过后，小儿就比较舒适而安静下来。
呕吐是婴儿肠套叠早期症状之一，疼痛开始发作后不久就发生呕吐。
便血为婴儿肠套叠的重要症状，出血的原因是因为在肠套叠时，发生严重的血循环障碍。便血最多发生在腹痛、呕吐之后，为稀薄黏性果酱样便。
腹部检查对诊断有意义的是腹腔内肿块。肿块多位于右侧上腹部肝下，形状像一条腊肠，稍可活动，并有压痛。晚期病例肿块常沿结肠而移至腹部左侧，最严重者可达到直肠内。少数病例甚至套入部可由肛门脱出。腹部检查时，还可发现右髂窝有空虚感，这是因为回肠末端及盲肠套入结肠内，该部就变得比较松软而呈空虚感。在发病已超过1～2天的病例，套叠近端的小肠严重的充气，腹部出现明显的膨胀。血液供应发生严重障碍，肠壁开始坏死，细菌可以渗过肠壁而产生腹膜炎，出现肌紧张。
早期入院者虽外表营养较好，但面色苍白，烦躁不安。晚期入院者精神萎靡，表现呆钝、嗜睡，有时伴有高热甚至有严重的脱水、中毒、休克等症状。
2儿童肠套叠：儿童肠套叠发病的过程多较缓慢，呈亚急性肠梗阻的症状，也有阵发性的腹痛，腹部肿块一般能明显触及，便血较少见，偶有呕吐。