一般来说，当一段DNA序列为合成信使RNA(mRNA，可转译成蛋白质)所需时，称为“正意”。而相对并互补的另一股序列，则称为“反意”。由于RNA聚合酶的作用方式，是根据模板上的讯息来合成一段与模板互补的RNA片段，因此正意mRNA的序列实际上与DNA上的反意股相同。在同一股DNA上，可能同时会有属于正意和反意的片段。此外，反意RNA在原核生物或真核生物体内皆存在，但是其功能尚未明了。有研究认为，反意RNA可利用RNA与RNA之间的碱基配对，来调控基因的表现。
少数属于原核生物、真核生物、质体或病毒的DNA序列(后两者较前两者多)，会由于正意股与反意股之间的差异难以区分，而产生重叠基因，这类DNA序列具有双重功能，一方面能以5往3的方向合成蛋白质，另一方面也能以相反方向合成另一个蛋白质。这种重叠现象一方面在细菌体内参与调控基因的转录，一方面则在较小的病毒基因组中，扮演增加讯息量的角色。为了缩减基因组的大小，也有某些病毒以线状或环状的单股DNA作为遗传物质。