(一)内含子和外显子 真核基因一般都含有内含子，也有少数基因不含内含子，如组蛋白基因，干扰素基因，酵母的多数蛋白质基因。1986年ChuF.K等发现T4噬菌体的胸苷合成酶基因也含有内含子。此外猿猴病毒SV40的T和t蛋白的基因中也含有长度不等的内含子。不同的基因其内含子的大小多少是不相同的，有时悬殊很大。有的基因内含子少，如珠蛋白基因只有2个内含子，有的基因内含子很多，如鸡的胶原蛋白(1a2)蛋白基因含有50个外显子。长的内含子如二氢叶酸还原酶，它有5个内含子，6个外显子，mRNA长2Kb，而DNA长超过31Kb，即5个内含子的总长度达到29Kb，比外显子长得多。
(二)内含子的相对性
内含子是相对的，一个基因的内含子可能是另一个基因的外显子。
如SV40病毒早期转录区编码了T和t两个功能不同的蛋白，这两个基因是重叠的，仅内含子不同。初始转录物的长度为2530nt.大T蛋白成熟的mRNA中切除了330nt的内含子，余下的编码序列为2200nt，翻译成大T蛋白的分子量为100KDa.但小t蛋白内含子仅30nt，位于大T内含子区域内，大T内含子其余部分(300nt)对于小t来说却是外显子。所以小t蛋白的mRNA长为2500nt，由于在其内含子前有一个终止密码子，所以能翻译的部分并不长，小t蛋白的分子量也只有18KDa.
大鼠的肌钙蛋白T也是一个很好的例子。它具有两种不同形式的蛋白，a型和b型。都由同一个基因编码，这个基因共有5个外显子，其中W，X和Z是两种类型蛋白共有的外显子，另外两个a和b分别在不同类型的mRNA中表达，即a在a型中是外显子在b型中都是内含子，加工时被剪掉，b外显子也是相似的情况，说明内含子是相对的。