1.调节酶所发生的共价修饰有多种形式，如磷酸化、甲基化、乙酰化等，其中以磷酸化修饰为最多见。
2.化学修饰的酶促反应进行较快，因此调节效应发生也较快。
3.调节酶在酶催化下所发生的化学修饰是不可逆反应。如果逆行(去修饰)，需在另一种酶催化下方可进行。
4.酶分子发生共价修饰后或引起亚基(亚单位)的聚合或解聚，或改变酶分子与其他相互作用分子的识别、结合能力，影响代谢信号通路功能。
5.此类酶所催化的反应较别构酶广泛，可以是限速反应，也可以是限速反应以外的其他反应。
6.因为这类酶发生的共价修饰属酶促反应，催化效率高，此外一种化学修饰调节的酶常与其他化学修饰酶组合在一起，形成级联反应，所以有放大效应，也使代谢调节变得更加精细、准确。
化学修饰调节在代谢途径调节的信号通路中具有广泛的意义。化学修饰调节主要以放大效应调节代谢强度为主要作用，而别构调节大多以影响关键酶(代谢转折点的酶)使代谢发生方向性的变化。它们的作用是相辅相成的，不可截然划分。有时这两种调节方式并存。有些酶可被别构调节与化学修饰双重调节。