要根据其病因、发病急缓、有无感染以及肾功能损害程度，结合病人年龄和心肺功能情况等综合考虑。
1.病因治疗 最理想的治疗是去除肾积水病因。保留患肾。如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在去除病因后，可获得良好效果。手术方法取决于病因的性质。例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。术后肾积水及肾功能会有所改善。
2.肾造瘘术 若情况危急或肾积水病因不能去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为永久性的治疗措施。
3.肾切除术 肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时，如对侧肾功能良好，可切除病肾。