一个完整的基因克隆过程应包括：目的基因的获取，克隆基因载体的选择与改造，目的基因与载体的连接，重组dna分子导入受体细胞，筛选出含感兴趣基 因的重组dna转化细胞。实现上述过程需要一些重要的工具酶，如限制性内切核酸酶连接酶等。限制性内切核酸酶是一类识别dna特意序列的内切核酸酶，它的 作用特异切开双链dna.
①目的基因的获取：外源基因又称目的基因，来源于几种途径：化学合成、酶促合成cdna，制备的基因组dna及pcr技术。
②基因载体的选择与构建：可作为基因载体的dna分子有质粒dna、噬菌体dna和病毒dna，它们经适当改造后仍具有自我复制能力，或兼有表达外源基因的能力。
③外源基因与载体连接：连接方式有：黏性末端连接、平端连接和人工接头连接等。
④重组dna导入宿主细胞：外源dna与载体在体外连接成重组dna分子，需将其导入宿主细胞。随受体细胞生长、增殖，重组dna分子得以复制、扩增。
⑤重组体的筛选：鉴定哪一菌落或嗜菌斑所含重组dna分子确实带有目的基因，即可得到目的基因的克隆，这一过程即为筛选或选择。
⑥克隆基因的表达：在原核或真核表达体系中进行表达，获得所需要的蛋白质。