治疗肝外胆管结石仍以手术治疗为主，原则为尽可能取净结石，解除胆道狭窄及梗阻，去除结石部位和感染病灶，恢复和建立项畅的服汁引流，防止结石的复发。
肝外胆管结石的治疗方法
1.非手术治疗也可作为手术前的准备治疗。
（1）应用抗生素，应根据敏感细菌选择用药，经验治疗可选用胆汁浓度高的、主要针对革兰阴性杆菌和厌氧茵的抗生素，胆道感染控制后再行择期手术治疗。
（2）解痉、镇痛。
（3）利胆，包括中药和中成药。
（4）纠正水、电解质紊乱及酸碱平衡失调。
（5）加强营养支持，禁食患者应使用肠外营养。
（6）保肝及纠正凝血功能异常的治疗。
2.手术治疗
（1）胆管切开取石。这是最基本的方法，应争取切开狭窄的部位，沿胆总管向上切开甚至可达2级胆管，直视下或通过术中胆道镜取出结石，直至取净。术中可采用胆道造影、B超或纤维胆道镜检查。术中应尽量取尽结石，如果条件不允许，也可以在胆总管内留置橡胶T管，术后行造影或胆道镜检查、取石。
（2）肝段切除术。肝内胆管结石反复并发感染，可引起局部肝的萎缩、纤维化和功能丧失。切除病变部分的肝，包括结石和感染的病灶、不能切开的狭窄胆管，去除了结石的再发源地，并可防止病变肝段、肝叶的癌变，是治疗肝内胆管结石的积极方法。其适应证；①肝区域性的结石合并纤维化、萎缩、脓肿、胆瘘；②难以取净的肝叶、肝段结石并胆管扩张；③不易手术的高位胆管狭窄伴有近端胆管结石；④局限于一侧的肝内胆管囊性扩张；⑤局限性的结石合并胆管出血；⑥结石合并癌变的胆管。
（3）单纯的肝外胆管结石可采用经十二指肠内镜取石。这能获得良好的治疗效果，但需要严格拿捏治疗的适应证，对取石过程中行肝胰壶腹括约肌切开的利弊仍有争议。禁忌用于有出血倾向或凝血功能障碍、乳头开口于十二指肠憨室、合并肝内胆管结石者。
（4）残留结石的处理。肝内胆管结石手术后结石残留较常见。因此，后续治疗对减少结石残留有重要的作用。治疗措施包括术后经引流管窦道胆道镜取石，经引流管溶石，体外震波碎石，以及中西医结合治疗等。