胃肠功能紊乱的发病原因：
饮食因素：不规律的饮食习惯，很多人在饮食上不能控制自己，遇到好吃的就猛吃一顿，不合口味的就饿一顿，这样就易造成胃的蠕动功能紊乱，进而使胃壁内的神经丛功能亢进，促进胃液的分泌，久而久之就会出现胃炎或胃溃疡。因此，饮食应该定时定量，千万不要暴饮暴食。
心理因素：精神紧张、压力大，情绪的变化将直接影响人体各个器官功能的变化，而表现最为敏感的就是胃肠。不良情绪可以通过大脑皮层导致下丘脑功能紊乱。下丘脑是一个与情绪有关的皮层下中枢，它可以通过植物神经系统影响胃肠道功能。
胃肠因素：消化系统疾病。如消化不良、胃炎、溃疡病、急性胃肠炎、便秘等等。
有关本症的发病机制，迄今还没有统一的认识。但有研究表明，精神因素在本症的发生和发展中起重要的作用，如有过度劳累、情绪紧张、家庭纠纷、生活和工作上的困难等，若长期得不到合理解决，均可干扰高级神经的正常活动，影响植物神经功能，进而引起胃肠道功能障碍。