最近几年研究认为，母乳性黄疸是在多种因素作用下，由胆红素肠-肝循环增加所致，这种学说较为成熟，并得到验证，β-葡萄糖醛酸苷酶（β-GD）在发病机制中起主要作用。
1.新生儿肠道内β-GD丰富肠道内β-GD主要来源为母乳（新生儿自身也可产生，正常肠道菌群建立后也可产生，但产生较少），β-GD分解结合胆红素，还原为未结合胆红素，经小肠再吸收进入肠-肝循环，使血清未结合胆红素增多，引起黄疸。
2.肠内β-GD活性高新生儿小肠中β-GD活性高，为成人的10倍。
3.胆红素排泄少新生儿摄入不足，肠内蠕动减少或开奶延迟，肠道菌群建立晚，缺乏转化胆红素的菌群，可使结合胆红素排泄减少。
4.胆红素重吸收多有人发现母乳中有特殊的脂肪酸、胆固醇，促进了未结合胆红素的重吸收。