目前，肝癌仍是各种实体瘤中预后最差的恶性肿瘤之一。尽管近年来一些治疗研究中心在肝癌的早期诊断治疗方面有所进展，使部分肝癌病人的预后有所改善，但就全部肝癌发病人群而言，预后仍很差。
可影响肝癌预后的因素很多：如从性别上发现女病人的生存期较长，肿瘤的大小、单个或多发、有无包膜及有无门静脉癌栓等，也影响肝癌的预后，根据肝癌病期不同，所选择的治疗手段恰当与否直接影响着肝癌的预后，另外，肝癌的病期，手术后复发的预防与治疗对预后有影响。
肝癌癌细胞生长极为活跃，侵袭性强，易侵犯包膜和血管，致局部扩散和血道转移而影响预后。
肝癌的早期转移及转移问题对预后有直接影响。肝癌经血道向肝外器官转移可发生在肝癌早期。晚期HCC患者中有95%出现周围血白蛋白涨NA阳性，说明肝癌细胞入血。肺为HCC肝外最常见的转移器官，约占90%，其次为骨、肾上腺、肾、脑等器官。
肝癌的生长部位对预后有影响。位于肝包膜下的癌结节可由于不断生长或肝内癌结节巨大向肝外赘生，可发生破裂出血至腹腔内。直接脱落进入腹腔的肝癌细胞可引起种植性转移，形成多个癌灶，进而形成腹膜癌症，导致恶性腹水的形成。