支配对象不同：躯体运动神经支配骨骼肌，内脏运动神经支配平滑肌、心肌和腺体。
含纤维成分不同：躯体运动神经只含躯体运动纤维，而内脏运动神经含 有交感神经和副交感神经两种成分。
神经元数目不同：躯体运动神经一般从脊髓到骨骼肌只有一级神经元，而内脏运动神经从脊髓到所支配的器官需二级神经元（肾上腺髓质例外），第一级神经元胞体位于中枢，称为节前神经元，第二个神经元的胞体位于内脏神经节中，称节后神经元。
神经纤维分布形式不同：躯体运动神经以神经干的形式分支分布，而内脏神经的节后纤维常攀附脏器或血管形成神经丛，由神经丛直接或随血管的分支到达所支配的脏器。
神经纤维的髓鞘化程度不同：躯体运动神经一般是比较粗的有髓纤维，而内脏运动纤维则是薄髓（节前纤维）和无髓（节后纤维）的细纤维。
受意识控制的程度不同：躯体运动神经一般都受意识支配，而内脏神经则在一定程度上不受意志的直接控制。