低级中枢的部位不同：交感神经的低级中枢位于全部胸髓和腰髓1~3节的中间外侧核，副交感神经的低级中枢则位于脑干内一般内脏运动核和骶髓2~4节的骶副交感核。
周围神经节的位置不同：交感神经节位于脊柱两侧，称椎旁节，另一部分位于脊柱的前方，称椎前神经节；副交感神经节位于器官附近，称器官旁节，位于器官壁内，称壁内节。因此，交感神经节前纤维相对较短，节后纤维较长，而副交感神经则相反。
分布范围不同，交感神经除分布于头颈、胸腹腔内的脏器外，遍布于全身皮肤的血管、汗腺和立毛肌，而全身大部分血管、汗腺、立毛肌、肾上腺髓质等均无副交感神经分布，故交感神经分布范围广泛，副交感神经则相对局限。
对同一器官所起的作用不同，交感神经和副交感神经对同一器官的作用既互相拮抗，又互相统一，以适应机体在应激、紧张、兴奋、静息以及睡眠等不同生理状态下的需要。
节前神经元和节后神经元的比例不同，一个交感神经元可和许多节后神经元形成突触，而副交感神经节前神经元则和较少的节后神经元形成突触。