其发生的原因目前认为主要是因为新生儿胆红素代谢的肠-肝循环增加有关，由于母乳本身造成，推测主要原因有：
1.母乳中含有孕3α-20β二醇母乳性黄疸患儿母亲母乳中含有孕3α-20β二醇抑制了肝脏葡萄糖醛酸转移酶的活性。
2.母乳中不饱和脂肪酸含量高母乳性黄疸患儿母亲母乳中不饱和游离脂肪酸的含量增高，对肝脏葡萄糖醛酸转移酶产生抑制。
3.母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性高母乳中β-葡萄糖醛酸苷酶的活性大大高于牛奶及配方奶，使已结合的胆红素再分解，小肠重吸收增加，至肠-肝循环增加。β-葡萄糖醛酸苷酶在其中起主要作用。