1.潴留性囊肿：一般为单房性，没有包膜，其体积一般较小，且囊肿有时大时小的特点。囊壁由单层立方扁平上皮被覆，囊壁外常为慢性胰腺炎病变，有导管阻塞，且常伴有胰结石症等。囊内液中炎性渗出成分不多，而胰淀粉酶常呈强阳性反应。
2.囊腺瘤：有纤维组织间隔与包膜，可发生玻璃样变性及钙盐沉着，邻近包膜的胰腺组织因受压迫而萎缩；导管和腺泡可因阻塞而扩张，囊腔大小较小，囊壁中无炎性细胞浸润；囊壁被覆上皮为单层扁平细胞、立方状细胞或高柱状细胞；单层扁平上皮者应与淋巴管瘤或毛细血管瘤相鉴别，前者嗜银染色阳性，而后两者嗜银染色均为阳性。被覆柱状上皮的囊腺瘤恶变的可能性较大，而乳头状囊腺瘤可以视为癌前期病变。囊腺瘤恶变时，有乳头明显增生，细胞呈明显的异形性，表现为核大、核深染、核分裂相增多，有病理性核分裂、腺管共壁、背靠背等恶性特征。
3.胰腺癌：胰腺癌阻塞了胰腺导管时，其远侧胰管可以扩张呈囊状，但这种囊肿一般不大，囊腔与腺管相通，囊内含有血性液体或清亮稀薄液体，并含有胰酶类。