蛔虫钻入胆道时引起Oddi括约肌的强烈痉挛而出现典型的胆绞痛。随着蛔虫的进入，肠道细菌，主要是革兰阴性杆菌和厌氧菌被带入胆道可引起急性化脓性胆管炎，甚至感染向上蔓延导致毛细胆管性肝炎或肝脓肿。同时因蛔虫刺激Oddi括约肌痉挛，胆道开口阻塞，带菌胆汁逆流进入胰管，或者虫体直接阻塞胰管开口而诱发急性胰腺炎。当感染累及肝脏和肝内胆管，可侵蚀汇管区血管而导致胆道出血。由于蛔虫体光滑呈圆柱形，且不断蠕动，故胆管阻塞多不完全，发生阻塞性黄疸比较少见。但是蛔虫残骸和虫卵可以成为结石的核心，文献报道蛔虫残片或虫卵为结石核心者占胆结石的36.5%～65.5%，可见胆道蛔虫是肝胆管结石的重要成因之一。
肝蛔虫病的病理改变主要是蛔虫性肝脓肿和肝蛔虫卵性肉芽肿。蛔虫性肝脓肿是蛔虫上行穿破肝内胆管所致，可为单发或多发，脓肿内含有蛔虫残骸和虫卵是其特点。肝脓肿可向腹腔穿破致弥漫性腹膜炎；亦可向胸腔穿破致右侧脓胸。脓肿内坏死肝组织和虫卵尚可流入肝静脉引起肝静脉炎症及血栓形成，甚至经右心入肺，引起肺梗死及化脓症状。肝蛔虫性肉芽肿系雌蛔虫侵入肝内，大量产卵所致，早期为嗜酸性脓肿，以后形成肉芽肿。文献有肝蛔虫性肉芽肿引起胆道大出血的报道。教.育网搜集整理此外，蛔虫嵌塞肝内胆管可导致相应区域的肝坏死以及后期的局限性肝纤维化病变。