早期骨质破坏不明显，或症状尚不典型时，诊断往往有一定困难，应与下列疾病鉴别。
1.颈椎化脓性骨髓炎：发病多急骤，体温迅速升高，中毒症状明显，白细胞可增至10～20×109/L以上。颈部剧痛，活动受限。局部肿胀及压痛常较明显。但亚急性与慢性者多无高热，与结核很难鉴别。X线片可见死骨形成较早，晚期椎体可见明显骨质增生及硬化，椎体间常可形成粗大的骨桥。而颈椎结核新骨形成较少。MRI图像上脓肿的扩散方式也不一样，本病的脓肿没有规则的边界，且易破坏椎旁韧带、小关节等。而颈椎结核的脓肿多显示为光滑的边界，对韧带多无侵犯。
2.颈椎肿瘤：椎体肿瘤常为恶性，良性者少。在恶性肿瘤中又以转移癌最多，多发生于中老年患者。颈痛多明显，且在夜间加重。椎旁阴影多为圆形。椎间盘不受侵犯。休息后、抗结核治疗无好转，且逐渐加重。有时可发现原发癌肿。
3.自发性寰枢椎关节脱位：患者多为10岁以下儿童，常继发于咽部炎症之后。患儿手托下颌，有斜颈，颈部活动受限，极易误诊为寰枢关节结核。X线片显示寰椎向前脱位，齿状突向侧方和后方移位，但无骨质破坏，椎前软组织不肿。
4.颈椎病：由颈椎间盘退行性变及其继发性改变所致。多发生于30岁以后，可有颈或颈肩部疼痛，颈部活动受限，有时尚有神经根及脊髓压迫症状。患者一般无高热、盗汗、颈部后凸畸形等症状。X线平片虽有椎间隙狭窄及椎体边缘骨质增生，但无骨质破坏及椎前软组织增厚。教.育网搜集整理MRI检查可见椎间盘后凸、信号减低，多无寒性脓肿发现。