舌咽神经痛初期治疗是药物治疗，在药物治疗无效或伴有严重的并发症时，应积极采用手术治疗。
1、药物：凡治疗原发性三叉神经痛的药物也可以应用于舌咽神经痛。常用药物有卡马西平、苯妥英纳、七叶莲和巴氯芬等。
2、中医：中药、针灸等。
3、神经阻滞：方法为经皮穿刺颈静脉孔射频治疗，适用于：①药物治疗无效或不能耐受药物不良反应者；②高龄或一般情况差，不能耐受开颅手术者；③合并多发性硬化的病例。此种治疗方法存在的主要问题为疼痛复发率高（23%-54%）及神经损伤导致的吞咽困难、饮水呛咳和声音嘶哑等。
4、手术：显微血管减压术是目前最安全、有效的外科治疗方法，其治愈率可达到99%.手术治疗适用于：①药物或经皮穿刺治疗失败者；②患者一般状况较好，无严重器质性病变，能耐受手术者；③排除多发性硬化或桥小脑角肿瘤等病变者。多数患者手术后疼痛即可消失，99%的患者可治愈。