慢性结直肠炎由于病因不明，病程长，反复发作，故在治疗上亦十分棘手。1、中药治疗：应以健脾补肾、益气除湿为治本之法，清热解毒，活血化瘀为治标之用，辨证施治，最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针如麦注参麦注射液、黄芪注射液等静滴以扶正。
2、西药治疗：根据患者具体情况，如炎症明显时可短期使用抗生素，配合口服丽珠肠乐、得舒特等药物调节肠道功能。
3、中西药结合灌肠：采用独有中药配方“肠炎1号方”配合西药研粉混合保留灌肠，经临床验证疗效满意。
4、心理治疗：该病患者常有焦虑、忧郁、紧张、多疑等精神心理改变，严重者可予抗抑郁治疗。
5、其它治疗：如①营养饮食治疗：可予高营养、低脂、少渣易消化饮食，或嘱患者可予山药、白扁豆、苡米等煮粥，常食健脾养胃；②高压氧治疗：对溃疡性结肠炎患者疗效尢佳。