过去胃癌的组织发生学中，胃溃疡、胃息肉（腺瘤）及慢性萎缩性胃炎皆被认为是胃癌的癌前期病变。近年的研究发现上述几种情况发生癌变的机会很小。特别是在贲门部这三种情况比胃的其他部分更少发生。所以显然与贲门癌的组织发生关系不大。
目前比较被承认的观点是贲门癌起源于贲门腺的颈部干细胞，因有多方向分化的潜能，可以形成具有贲门或腺上皮特点的腺癌。多数贲门癌的光镜、电镜和组化研究发现是混合型，是该观点的有力支持，不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。当他们发生不典型增生的改变时才可能癌变，其中结肠型化生多数具有不典型增生的性质。
早期贲门癌病人缺乏明确的特征性症状。上腹部不适、轻度食后饱胀、消化不良、心窝部隐痛等症状，都易与消化性溃疡症状相混淆，引不起病人的重视，吃些胃药应付一下。一直到吞咽困难加重始促使病人就医。贲门癌另一始发症状是上消化道出血，表现为呕血或是柏油便。根据出血的严重程度或伴随虚脱休克，或表现重度贫血。此种情况的发生率约占病人的5%.由于缺乏梗噎症状，此种病教`育网 搜集整理人易被误诊为消化性溃疡出血，由腹部外科医师手术，术中方始确诊。也正是因为多数系急诊手术，各方面准备不够充分，这类病人手术并发症发生率和死亡率都较高，疗效不良。晚期病例除了吞咽困难，还可出现上腹和腰背的持续隐痛，表明癌瘤已累及胰腺等腹膜后组织，是为手术的禁忌证。