肝胆管结石的发病原因：
原发性胆管结石多见于我国西南、南方、沿海、长江流域等区域，特别常见于农村中。日本、东南亚等地，此病也较常见。前节已经谈到肝内胆管结石形成的原因，本文略作介绍。原发性胆管结石的形成与胆道的慢性炎症、细菌感染、胆汁淤滞、营养等有关。常见的致病因素有复发性化脓性胆管炎、胆道阻塞、胆道寄生虫病，感染是导致结石形成的首要因素，感染细菌主要是肠道菌属，其中最主要的是大肠杆菌，厌氧性细菌亦较常见。胆汁淤滞是原发性胆管结石形成时的必要条件，因为只有在淤滞条件下，胆汁中成分才能沉积并形成结石。
正常胆汁中，胆红素主要是水溶性的胆红素二葡萄糖醛酸酯的结合型胆红素，但结石中的胆红素主要是不溶解的游离胆红素。因而，胆汁中结合型胆红素的去结合化是形成结石的原因。大肠杆菌属和一些厌氧杆菌感染能产生-葡萄糖醛酸苷酶，此酶在pH7.0条件下，能将结合型胆红素水解生成游离胆红素而沉着。在胆道感染时，胆汁中有来自组织的内源性葡萄糖醛酸苷酶，它的最适pH为4.6，在适宜情况下，亦能水解胆汁中的结合型胆红素，因而结石可以在胆总管及肝内胆管中形成并增大。此外，胆汁中的粘蛋白、酸性粘多糖、免疫球蛋白等大分子物质，炎性渗出物，脱落的上皮细胞、细菌、寄生虫、胆汁中的金属离子等，均参与结石的形成。
还有一类胆管结石，称为黑结石，常发生于合并有肝硬变、慢性溶血性贫血、人工心脏瓣膜安置术后、老年等患者，黑色色素可能是胆红素或者是来自胆红素的双吡咯聚合体，细菌感染并不是成石的主要原因，而来自组织的内源性葡萄糖醛酸苷酶的活动，可能在生成不溶解的游离胆红素方面起主要的作用。继发性胆管结石则由胆囊结石排入胆总管后所致。