抗菌药物的选择一般应根据临床诊断、致病菌种类和药物的抗菌谱来选择有效的抗菌药物。但还应该考虑到抗菌药物的吸收、体内分布和排泄的特点，副作用和病人的全身情况。通常可先根据各种致病菌引起感染的一般规律（如痈主要由金黄色葡萄球菌引起，急性蜂窝织炎主要由链球菌引起），临床表现特点，脓液性状（有时可作脓液涂片检查），来估计致病菌种类，选择合适的抗菌药物。如2～3日后疗效仍不明显，则应更换药物种类。如有条件，对感染严重的病人，应在使用抗菌药物前，作脓液或血液细菌培养和药物敏感试验，以便根据结果换用有效药物。
对广谱抗生素治疗过程中的真菌感染的治疗，除尽可能停用广谱抗生素或换用窄谱抗生素外，对消化道真菌感染，一般可选用制霉菌素、咪康唑或克霉唑。对真菌性败血症，可选用氟胞嘧啶、二性霉素B、酮康唑或氟康唑。
在选用治疗外科感染的抗菌药物时，除先考虑适应证和有效性外，还应考虑药物的副作用、药源和费用等。其原则是：
表-抗菌药物的选用
| 致病菌 | 主要外科感染 | 首选药物 | 可选药物 |
| 葡萄球菌 | 疖、痈、脓肿、淋巴结炎、败血症、急性骨髓炎 | 青霉素、磺胺甲噁唑+甲氧嘧啶，笨唑西林、氯唑西林（用于耐药菌株） | 红霉素、万古霉素、头孢菌素、克林霉素 |
| 链球菌 | 急性蜂窝织炎、丹毒(淋巴管炎)、淋巴结炎、败血症 | 青霉素、磺胺甲噁唑+甲氧嘧啶、氨苄西林+氨基糖甙类（用于肠球菌） | 红霉素、万古霉素、头孢菌素 |
| 大肠杆菌 | 胆道感染、尿路感染、腹膜炎(混合感染)、败血症 | 哌拉西林+庆大霉素，诺氟沙星(用于尿路感染) | 氨苄西林、新头孢菌素、头孢菌素、吡哌酸(用于尿路感染) |
| 绿脓杆菌 | 大面积烧伤创面感染、败血症、尿路感染 | 哌拉西林+妥布霉素，多粘菌素 | 羧苄西林、新头孢菌素 |
| 变形杆菌 | 大面积烧伤创面感染、尿路感染、腹膜炎 | 青霉素(用于奇异变形杆菌)、哌拉西林(用于奇异变形杆菌和其他变形杆菌) | 羧苄西林、新头孢菌素、氨基糖甙类 |
| 克雷伯菌、肠杆菌、沙雷菌 | 大面积烧伤创面感染、腹膜炎、败血症 | 氨基糖甙类 | 新头孢菌素、哌拉西林 |
| 拟杆菌 | 腹膜炎、静脉炎、败血症 | 甲硝唑、头孢菌素(用于脆弱拟杆菌)、青霉素、氯霉素(用于其他拟杆菌) | 克林霉素、氯霉素(用于脆弱拟杆菌)、克林霉素、头孢菌素(用于其他拟杆菌) |
| 结核杆菌 | 结核病 | 链霉素+异烟肼 | 利福平、乙胺丁醇、卡那霉素 |
| 白色念珠菌 | 二重感染(局部或全身) | 二性霉素B(全身性感染)、制毒菌素(局部感染) | 氟胞嘧啶、酮康唑、氟康唑、克霉唑 |
注：
1.头孢菌素包括第一代和第二代头孢菌素，如头孢噻吩、头孢唑啉、头孢氨苄、头孢拉定、头孢呋新、头孢克罗、头孢孟多等。
2.新头孢菌素指第三代头孢菌素、如头孢哌酮、头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他定等。
3.氨基糖甙类指庆大霉素、卡那霉素、妥布霉素、阿米卡星等。
1.可以应用一种抗生素或磺胺药控制的感染，即不联合应用抗生素，可用窄谱抗生素治疗感染时，即不用广谱的。
2.有数种同样有效的抗菌药物可供选用时，应选用药源充足，价格较廉和副作用较小的。
3.在全身情况不良的病人中，应尽量使用杀菌性抗生素来治疗感染，以达到较快地控制感染的目的。